序列（传统方法），而且确定
每个细菌体内每个基因
DNA序列，然后像
幅大型拼图那样构建出基因组成。这种方法称为“鸟枪法宏基因组学”（shotgunmeta-genomics）。因为数据繁多，构建计算复杂，这项检查花费不菲——每人几千欧元。
研究人员检测微生物对减肥饮食法反应。在食用富含纤维素碳水化合物（44%）和高蛋白（35%）组成低热量饮食（1200千卡）6个星期后，49名志愿者都减轻体重。接下来摄入热量增加20%，并持续6星期。志愿者在头6个星期减轻体重后，慢慢稳定下来；有些人体重很快反弹。预测谁重量减轻最多与意志力和起始体重都无关，而与肠道微生物组成有关。[151]
尽管所有志愿者都从6星期高蛋白低碳水饮食中受益，但肠道菌群多样性贫乏、数量较少志愿者结果最差。他们血液中炎性因子水平没有下降，体重也很快反弹，回复到初始状况。在法国志愿者中，肠道菌群多样性较差人占40%，在另项规模更大研究中，此类志愿者在292名丹麦病人中占23%。这样人通常更肥胖，胰岛素水平更高，内脏脂肪更多，脂质水平也异常，这意味着他们患糖尿病和心脏病风险也更高。[152]
研究也发现在拥有丰富多样肠道菌群健康人体内常见、但在肠道菌群多样性较差人体内少见甚至缺乏几种关键细菌，包括前面谈到过有益菌，如双歧杆菌，普拉氏梭杆菌，乳酸菌和古老产甲烷菌——甲烷短杆菌（Methanobrevibacter）。
们可以将这些细菌作用与生物多样性栖息地中关键物种相类比，例如美国黄石国家公园中狼，它们消失和随后人工引入。缺少这些关键细菌，肠道环境就会失衡。
研究人员发现微生物多样性更丰富人体内炎症水平较低，有益丁酸盐浓度较高。他们提出测量个体菌群多样性（或说丰度）或许可以作为种创新性方法，更好地判定健康状况及未来患诸如糖尿病等疾病风险。目前他们正在开发可用于临床检测方法。[153]
对于体内微生物多样性不足志愿者来说，高蛋白低碳水饮食也发挥定作用。6个星期之后，他们体重都有所减轻，肠道微生物多样性显著增加。问题是之后体重反弹。试验持续时间和强度可能还不足以完全重塑微生物菌群，永久改变其组成。试验还无法确认，究竟是对
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