通过检测
滴血液、唾液或是尿液，研究人员就能准确测量大多数化学标记物
量，这称为代谢组学（metabolomics）。
们对双胞胎志愿者进行
代谢组学研究，获得关于基因重大发现，揭示代谢物与疾病之间联系，在1200种能检测代谢标记物中，至少有250种是由肠道微生物产生。[307]
数项人体研究表明，微生物、益生菌和抗生素能改变作为神经递质前体（precursor）关键化学分子水平。这些化学信号分子，例如色氨酸（tryptophan）和血清素（serotonin），在脑功能正常时以及抑郁和焦虑症发病中都有着重要作用。体内大部分血清素是在肠道产生，最新研究发现它主要由肠道细菌在人不进食时间里产生。越来越多研究也致揭示自闭症与菌群紊乱有关，而菌群紊乱与异常脑化学信号传导紧密相关。[308]
巧克力真是神奇食物
？
媒体和大众，特别是英国媒体和大众，对巧克力具有神奇功效研究报道喜爱有加。2012年，英国人人均食用巧克力为9.5千克，排名世界第三位，仅次于爱尔兰和瑞士，几乎是美国人均食用量2倍。巧克力带来美妙感觉和肠道微生物有关。在数项研究中，食用黑巧克力成人血液中神经递质浓度以及些只有微生物才能生成代谢物分子水平都发生明显改变。[309]还有研究表明，与苗条人士相比，肥胖人士更容易受到巧克力香味诱惑。[310]所以爱吃巧克力不是你错，是肠道微生物在作怪，它们爱以巧克力为原料，生成使脑保持愉悦化学分子。
和那些常常招致抨击不健康食物及添加剂比如汉堡、脂肪和色素等不同，“巧克力对健康有益”报道屡见不鲜。在此类报道中，人们称巧克力能奇迹般地预防心脏病和癌症，缓解抑郁、性欲低下和性功能障碍。而这些“不可思议力量”来源只是种经烘烤并发酵豆子。可可豆是可可种子，这种植物拉丁文Theobromacacao本意是“上帝果实”，据说最早是阿兹特克人栽种。人们食用巧克力当中含有糖、脂肪、乳蛋白和可可豆。而其中每种成分各占多少取决于文化和营销策略。
世界范围内巧克力组成差别很大，不列颠人偏爱牛奶巧克力，不过现在黑巧克力消费有上升趋势。在双胞胎研究中们发现，虽然对糖果和巧克力喜爱跟遗传因素有关，但偏好牛奶巧
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